El Hospital San Juan de Dios de Burgos tiene una trayectoria de más de 70 años, profundamente ligada a la atención sanitaria y sociosanitaria de calidad. Su origen se remonta a la decisión de la Provincia de Castilla de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios (OHSJD) de crear un recurso asistencial en Burgos, coincidiendo con el 400 aniversario de la muerte de San Juan de Dios.
En 1951, bajo la dirección del hermano Antonio Núñez Vicente, se adquirió la finca conocida como la antigua huerta de Los Madrazos, ubicada entre el Paseo de la Isla y Los Cubos, con una superficie de más de 14.000 m². Tras superar numerosos contratiempos administrativos, el hospital abrió sus puertas el 15 de enero de 1956 como clínica médico-quirúrgica.





